Setelah Pemilu 2004, Gus Ipul diangkat menjadi Menteri PDT oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono. Ia diangkat menjadi menteri sebagai representasi PKB. Ia menjadi menteri yang paling aktif keliling Indonesia. Menyapa warga di daerah terpencil dan tertinggal. Setelah PKB beralih ke Muhaimin Iskandar, Gus Ipul di-reshuffle.
Setelah sempat menepi dari jalur politik, Gus Ipul muncul di Pemilihan Gubernur Jawa Timur pada 2018. Ia terpilih sebagai wakil gubernur, berpasangan dengan Soekarwo. Selama dua periode ia menjadi orang nomor dua di Jawa Timur. Saat ini, Gus Ipul menjabat sebagai Wali Kota Pasuruan. ia terpilih pada Pilkada 2020. (Tomy C. Gutomo)