Kuntoro mengawali karier di pemerintahan pada 1983. Tepatnya sebagai Staf Ahli Menteri Muda UP3DN. Ia juga diangkat sebagai Pembantu Asisten Administrasi Menteri Sekretaris Negara RI pada 1984.
Kuntoro kemudian menjadi Direktur Utama PT Tambang Batubara Bukit Asam pada periode 1988-1989. Setelah itu pindah menjadi Direktur Utama PT Tambang Timah. Jabatan itu ia pegang hingga 1994.
Ia kemudian menjabat sebagai Direktur Jenderal Pertambangan Umum, Departemen Pertambangan dan Energi selama periode 1993-1997. Ketika Soeharto kembali menjadi presiden pada 1998, ia diangkat menjadi Menteri Pertambangan dan Energi (Mentamben) Kabinet Pembangunan VII.
Begitu banyak pengalaman Kuntoro di bidang pertambangan. Sehingga ketika Soeharto lengser, dan digantikan oleh BJ Habibie, Kuntoro dipertahankan sebagai Mentamben. (*)