Sebelum menjadi klub profesional sepak bola, dulunya Bayer Leverkusen hanyalah klub olahraga yang anggotanya juga berpartisipasi dalam atletik, senam, bola basket, serta olahraga lainnya termasuk RTHC Bayer Leverkusen (dayung,tenis, dan hoki).
Hingga pada akhirnya di tahun 1999 cabang olahraga sepak bola dipisahkan dari klub olahraga tersebut dan sekarang menjadi sebuah klub profesional sepak bola secara resmi yang disebut Bayer 04 Leverkusen.
BACA JUGA:Bayer Leverkusen Juara Bundesliga! Kutukan Runner-up Berakhir di Tangan Xabi Alonso
BACA JUGA:Wow! Xabi Alonso Tolak Bayern Munchen dan Liverpool, Pilih Bertahan di Leverkusen
Seiring berjalannya waktu, Bayer Leverkusen telah mengalami berbagai naik turun dalam perjalanan mereka di sepak bola Jerman.
Klub itu telah melewati banyak rintangan dan perubahan.
Hingga pada akhirnya Bayer Leverkusen mampu promosi ke Bundesliga pada tahun 1979 dan hingga saat ini klub tersebut masih belum pernah turun kasta.
Bayer Leverkusen sendiri telah lima kali menjadi runner-up di Bundesliga pada musim 1996-1997, 1998-1999, 2000-2001, 2001-2002, dan 2010-2011.
Setelah penantian lama akhirnya di musim 2023-2024 dengan di nahkodai oleh Xabi Alonso mereka mampu menjuarai Bundesliga.